畜禽糞便雖然是很好的有機肥，但若將未腐熟的畜禽糞便直接施入農田或單純烘干后充作有機肥，弊病很多，歸納如下：

    a. 病蟲(chóng)害傳染：未腐熟有機物質(zhì)直接使用會(huì )導致病蟲(chóng)害的傳播、作物發(fā)病，對農產(chǎn)品食用者的健康也產(chǎn)生影響；

    b. 發(fā)酵燒苗：不發(fā)酵的生糞施到地里后，當水分等發(fā)酵條件具備時(shí)生糞開(kāi)始發(fā)酵，發(fā)酵產(chǎn)生的熱量會(huì )影響作物生長(cháng)；

    c.土壤缺氧：有機物質(zhì)在分解過(guò)程中消耗土壤中的氧氣，會(huì )使作物生長(cháng)受到抑制。 所以需經(jīng)過(guò)堆肥腐熟，達到無(wú)害化處理后才能放心施用；

    d. 肥效緩慢：未發(fā)酵腐熟的有機肥料中養分多為有機態(tài)或緩效態(tài)，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化才能被作物吸收利用；

    e. 體積龐大：未經(jīng)發(fā)酵腐熟直接施用，糞便體積大、含水高，運輸和使用都非常不便。所以要經(jīng)過(guò)堆肥腐熟，達到無(wú)害化處理后才能放心施用。

    傳統的堆肥為自然堆肥法，無(wú)需設備但占地大、腐熟慢、品質(zhì)差、效率低，而且勞動(dòng)強度大、周?chē)h(huán)境惡劣?，F代好氧堆肥是利用堆肥翻拋設備使畜禽糞便在有氧條件下利用好氧微生物作用達到穩定化、無(wú)害化，進(jìn)而轉變?yōu)閮?yōu)質(zhì)肥的方法。比較而言，好氧堆肥具有工藝簡(jiǎn)單、投資少、運行費用低的特點(diǎn)，能有效殺滅病原微生物，是一種有效、經(jīng)濟的合理處理處置方式，得到了國內外廣泛的應用。