微生物有機肥料使用注意事項有以下幾點(diǎn)。（1）要仔細了解微生物菌劑的功能與使用條件，有針對性的使用菌劑。固氮菌只能用于具固氮能力的豆科、牧草等作物，且不同作物所適用的菌種不一樣；磷細菌、硅酸鹽細菌適用緩效態(tài)磷、鉀含量豐富的土壤。（2）生物有機肥料必須深施入土，防止陽(yáng)光直接照射殺傷微生物。（3）生物有機肥料 集中使用在作物根部，微生物在作物根系周?chē)纬捎幸嫔鷳B(tài)環(huán)境，促進(jìn)作物生長(cháng)。（4）生物有機肥料不宜與殺菌劑或其它農藥混合使用，以免影響肥效。（5）微生物肥料適宜施用的時(shí)間是清晨和傍晚或無(wú)雨陰天這樣可以避免陽(yáng)光中的紫外線(xiàn)將微生物殺死。（6）微生物肥料應避免高溫干旱條件下使用。施用微生物肥料時(shí)要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會(huì )受到影響，不能充分發(fā)揮其作用。 （7）微生物肥料不能長(cháng)期泡在水中，在水田里施用應干濕灌溉，促進(jìn)微生物活動(dòng)。以好氣性微生物為主的產(chǎn)品，則盡量不要用在水田。嚴重干旱的土壤會(huì )影響微生物的生長(cháng)繁殖，微生物肥料適合的土壤含水量為50%-70%。（8）微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的有機肥混用，會(huì )因高溫殺死微生物，影響肥效。同時(shí)也要注意避免與過(guò)酸過(guò)堿的肥料混合使用。（9）微生物肥料應避免與農藥同時(shí)使用?；瘜W(xué)農藥都會(huì )不同程度地抑制微生物的生長(cháng)和繁殖，甚至殺死微生物。不能用拌過(guò)殺蟲(chóng)劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及時(shí)施用，一次用完，包裝袋打開(kāi)后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發(fā)生改變，影響其使用效果。（10）避免盲目施用微生物肥料。 微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質(zhì)營(yíng)養養分為主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。（11） 注意微生物肥料的肥效條件。 微生物肥料肥效的發(fā)揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數、活性大小等質(zhì)量因素；又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機質(zhì)、pH值等影響，因此微生物肥料從選擇到應用都應注意合理性。